Direttamente da Runtastic non credo però lo puoi fare con GPX Editor un semplice programmino che non necessita neanche dell'istallazione ma si apre direttamente dall'eseguibile che trovi qui:
http://percorsi.ch/?p=218
Devi esportare i GPX delle due sessioni da Runtasic (va fatto dal sito web e non dalla app), poi apri la prima sessione con GPX Editor col comando "open GPX", la seconda la importi col comando "add GPX" e le unisci col pulsante "bind two tracks" infine salvi con nuovo nome tramite "save GPX as..."
Il file ottenuto lo carichi in Runtastic sempre attraverso il sito web con il comando "aggiungi sessione" ed "importa allenamento".
Alla fine se è andato tutto a buon fine e verificato che la sessione risultante è OK procedi eliminando i due spezzoni così nel diario delle attività ti rimane solo quella completa.