Che sia per lo più sinonimo sono d'accordo.Vacca è più precisamente bovino di genere femmina che ha partorito e produce latte ed è sinonimo di mucca.
Il Treccani, però, mi conferma una maggior specificità del "mucca" per quella da latte:
Vacca - Significato ed etimologia - Vocabolario - Treccani
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Mucca - Significato ed etimologia - Vocabolario - Treccani
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Ci sono poi i significati estesi in ambito umano: "manza" è un complimento, "vacca" noManza invece bovino adulto che non ha partorito e non produce latte, di solito si fa fuori per farne bistecche a meno che non diventi una vacca