Che sia per lo più sinonimo sono d'accordo.Vacca è più precisamente bovino di genere femmina che ha partorito e produce latte ed è sinonimo di mucca.
Il Treccani, però, mi conferma una maggior specificità del "mucca" per quella da latte:
vacca - Treccani - Treccani
s. f. [lat. vacca]. – 1. La femmina adulta dei bovini: allevamento di vacche; vacche da lavoro, da riproduzione, da macello o da carne (carne di...
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mucca - Treccani - Treccani
mucca s. f. [dallo svizz.-ted. Mugg (in origine, la parola indicava le vacche svizzere, comperate alla fiera di Lugano)]. – Vacca lattifera. È...
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Ci sono poi i significati estesi in ambito umano: "manza" è un complimento, "vacca" noManza invece bovino adulto che non ha partorito e non produce latte, di solito si fa fuori per farne bistecche a meno che non diventi una vacca